それはまず間違いなくコバエの一種でしょう。

このコバエがどのような状況で発生しているかを見ることで、ある程度種類が判別出来ます。

まずカブトムシやクワガタに与えているゼリーや果物によくたかり、羽が細丸いタイプのコバエでしたらそれは『ショウジョウバエ』というコバエの1種です。
正確には『キイロショウジョウバエ』と呼ばれる種である場合がほとんどで、目障りであること以外は特に害のある虫ではありません。
体長は約２mm、複眼[ふくがん]が赤いのが特徴でしょうか。

それに対して、昆虫マットの中から次々と湧いて出るようなコバエもいます。
こちらは『クチキバエ』と呼ばれる種類のコバエで、少々やっかいです。
人間に対しての害はショウジョウバエと変わらないのですが、クワガタやカブトムシの幼虫にとってはエサとなる朽木を食い荒らす、いわば敵[かたき]のような存在です。
特徴としてはよ?く見てみると、ハエとはいうもののハエよりも蚊[か]に近い形状をしています。

さらにもう１種、クワ･カブ飼育で代表的なコバエとして『キノコバエ』という種類のコバエもいます。
これはその名の通りキノコを主食とする種で、日本のキノコバエ類はおよそ50属160種もいます。
こちらもクワガタの幼虫が食する菌糸ビンに主に発生し、幼虫のエサを食い荒らす憎いヤツです。
特徴はクチキバエに近く、背中が丸まっていて(ネコ背？)足が長く、蚊[か]に近い形状をしています。

いずれも人間にとってアレルギーを起したり病気をうつしたり･･･といった害は心配ありません。
ですが見た目に不衛生で、精神的な害はあるかも。。。

これらは発生させてしまうと根絶することがまず不可能なので、ケースを清潔に保つ、エサのゼリーや果物はこまめに変える、ケースのフタには新聞紙などをはさみ外部からの進入を防ぐ、などして発生させないことを心掛けましょう。